Etablierung von Methylierungsmarkern für zirkulierende Tumor-DNA von Ovarialkarzinomen – ASSURER Projekt

Fragestellung:

Aufgrund fehlender Früherkennung und später, unspezifischer Symptomatik werden zumeist Spätstadien des Ovarialkarzinoms (OvCa) detektiert. Diese weisen eine schlechte Prognose (5-JÜR ˜35%) auf. Im Rahmen des ASSURER Projektes versuchen wir die aberrante DNA-Methylierung von zellfreier DNA (cfDNA) als geeigneten Biomarker zur Detektion von OvCa zu etablieren.

Methodik:

Genomweite Methylierungsanalysen an Gewebe und cfDNA dienen der Identifikation von potentiellen Kandidatenregionen die eine OvCa-spezifische Methylierung aufweisen. Eine Validierung erfolgt in zwei Probensets mittels Methylierungsspezifischer PCR (MSP) nach Bisulfitbehandlung an cfDNA (Set 1: benigne Kontrollen n = 67 (Myom n = 30, Endometriose n = 16, Zysten n = 21) und OvCa n = 68 (FIGO III/IV); Set 2: OvCa n = 43 (FIGO I-IV) und gesunde Probanden n = 14).

Ergebnisse:

Genomweite Analysen von Geweben (OvCa n = 33, Normalovar n = 3, Lymphozyten n = 4) führten zur Identifikation potentieller Kandidaten für eine Blut-basierte Analyse. Durch einen Vergleich mit publizierten Datensets wurden 50 Regionen für eine Validierung ausgewählt. Die drei Topkandidaten erreichten im Set 1 eine Sensitivität und Spezifität von 27 – 57% bzw. 91 – 100%. Die beste 2-er Kombination erreichte 63,2% Sensitivität und 95,5% Spezifität. Laut der Analyse von Tumorgeweben der Patientinnen mit fehlendem Nachweis aller drei Marker in der cfDNA (n = 19; 28%) kann eine geringe Methylierung im Tumor ein Teil, aber nicht alle dieser Fälle erklären. Zur Identifikation weiterer Marker wurde daher die genomweite Analyse auch für cfDNA etabliert und wird derzeit durchgeführt.

Schlussfolgerung:

Ein spezifischer und sensitiver Nachweis von OvCa-spezifischer aberranter Methylierung ist in cfDNA möglich. Die direkte Suche in cfDNA sollte zu einer weiteren Steigerung der diagnostischen Performance führen um eine Früherkennung mittels Methylierungsmarker, eventuell in Kombination mit anderen Markern (Mutation, Proteine), zu ermöglichen.