Analyse Co-regulierter Gene in HCC und Vergleich zu anderen Tumorentitäten

Eine Vielzahl von Microarraystudien haben sich mit der Identifizierung der genetischen Grundlagen der HCC Entstehung beschäftigt. Diese Analysen haben jedoch immer eine vermehrte oder verminderte Expression von Genen betrachtet. Ein Expressionsverlauf von Genen und insbesondere die gemeinsame Regulation ganzer genetischer Cluster über eine Vielzahl verschiedener Tumorentitäten zur Identifizierung übergeordneter tumorbiologischer Mechanismen wurde bisher nicht berichtet. Wir haben daher Microarrays von 2158 Tumoren auf eine gemeinsame Regulation von mehreren Genen untersucht. Die Arrays wurden zunächst intern normalisiert und über einen Z-Score eine Abweichung der Expression vom Mittelwert des jeweiligen Arrays bestimmt. Mittels eines Korrelationskoeffizienten wurde die Ähnlichkeit im Regulationsmuster über allen Microarrayproben untersucht. Anschließend wurden die Proben aufgrund dieses Korrelationskoeffizienten geclustert und die gefundenen Cluster mittels Ingenuity-Analyse auf Ihren wesentlichen biologischen Prozess untersucht. Dabei fand sich ein Cluster aus 61 Genen deren Schnittmenge in HCC, Mammakarzinom und Kolonkarzinom stabil das gleiche Regulationsmuster zeigt. In diesem Cluster finden sich 2 Gene (KIF18B, CDCA3), die bisher nicht in Zusammenhang mit HCC Entwicklung beschrieben sind, wo wir aber aufgrund der Co-Regulation und hohen Konservierung auch im HCC von einer wesentlichen Bedeutung für das HCC ausgehen. Darüber hinaus lässt eine genetische Signatur von 38 Co-regulierten Genen aus der Schnittmenge der Gene deren Regulation sowohl in HCC, Mammakarzinom als auch Kolonkarzinom stabil ist prognostische Bedeutung im HCC erwarten.

Bioinformatics - HCC - Microarray