Kombinierte BRCA1/2-Mutations- und Kopienzahlanalyse in nativen Tumorproben des Ovarialkarzinoms

Fragestellung:

Bei der Behandlung des Ovarialkarzinoms ist der BRCA1/2-Status der Tumorzellen von großer Relevanz bezüglich einer PARP-Inhibitor Therapie. Der enorme Fortschritt neuer Sequenzierverfahren bietet die Möglichkeit BRCA1- oder BRCA2-Mutationen im Tumorgewebe bereits bei der Diagnosestellung zu erfassen. In der vorliegenden Arbeit wurde überprüft, ob sich die massiv-parallele Sequenzierung zum Nachweis von BRCA1/2-Mutationen und Kopienzahlveränderungen in Tumorproben eignet und wie sich diese Ergebnisse in den klinischen Alltag integrieren lassen, um alle Optionen bei der Therapieentscheidung berücksichtigen zu können.

Methodik:

Zur Etablierung und Validierung der massiv-parallelen Sequenzierung wurde die genomische DNA von 247 schockgefrorenen Ovarialkarzinom-Tumorproben extrahiert und die kodierenden Exone mittels Nextera® Rapid Capture (TruSightTM Cancer Sequencing Panel, Illumina) angereichert und sequenziert (MiSeq, Illumina). Die anschließende Datenanalyse erfolgte mit der NextGENe® und Geneticist AssistantTM Software (Softgenetics). Die quantitative Auswertung der Sequenzdaten hinsichtlich einer Kopienzahlveränderung (copy number variation, CNV = Deletion/Duplikation) wurde zusätzlich mit der CNV Detective (Inst. f. Bioinformatik, JKU Linz) Software durchgeführt.

Im Rahmen der therapieweisenden Analyse wurde die Tumor-DNA von 15 Patientinnen mit Ovarialkarziom untersucht und bei Verdacht auf eine Keimbahnmutation die jeweilige DNA aus Lymphozyten auf das Vorliegen einer konstitutionellen Mutation überprüft.

Resultate:

Bei der Methodenvalidierung identifizierten wir bei 48 von 247 (19%) Ovarialkarzinompatientinnen BRCA1/2 Mutationen. Im Rahmen der therapieweisenden Analyse wurden bei insgesamt 6 von 15 (40%) der Patientinnen Mutationen bzw. Kopienzahlveränderungen in BRCA1 oder BRCA2 nachgewiesen. Davon wiesen drei Patientinnen BRCA1-Mutationen bei gleichzeitigem Verlust der Heterozygotie (LOH), jeweils eine Patientin eine BRCA1- bzw. eine BRCA2-Mutation und eine Patientin einen BRCA1-LOH auf. In zwei Fällen lag die Mutation konstitutionell vor.

Diskussion und Schlussfolgerung:

Die vorliegende Arbeit zeigt, dass sich die massiv-parallele Sequenzierung zur molekulargenetischen Untersuchung von schockgefrorenen Tumorproben eignet und erfolgreich in den klinischen Alltag integrieren lässt. Diese Zeit- und Kosten-sparende Methode ermöglicht die Berücksichtigung des therapeutisch relevanten BRCA1/2-Status bei der Behandlung des Ovarialkarzinoms.