NGS-basierte Multigenpanel-Analyse BRCA1-assoziierter TNBCs

Fragestellung:

Trotz des gemeinsamen Rezeptorstatus kristallisieren sich Triple-negative Mammakarzinome (TNBC) zunehmen als molekulargenetisch diverse Gruppe heraus. Rund 15% der TNBCs sind mit einer BRCA1-Keimbahnmutation assoziiert. Das Projekt beabsichtigt eine tiefergehende genetische Charakterisierung dieses TNBC-Subkollektivs mit dem Ziel, weitere an der Tumorgenese sowie -progression beteiligte Gene zu identifizieren.

Methodik:

Archivierte makrodissektierte FFPE-Gewebe der TNBCs wurden mit zwei NGS-Multigenpanels untersucht: das 93 Gen QiaSeq Human Breast Cancer Panel (Qiagen) sowie das 170 Gen-Panel TST170 (Illumina). Letzteres ermöglicht mittels ergänzender RNA-Analyse, neben kleineren DNA-Veränderungen zusätzlich Amplifikationen sowie Spleiß- und Fusionsvarianten nachzuweisen.

Ergebnis:

Aktuell sind 59 von 98 TNBC-Gewebeproben aufgearbeitet. Hiervon zeigten nahezu alle einen ausreichend hohen Tumorzellanteil (> 30%) sowie eine ausreichende DNA-Qualität. Für die 20 derzeit sequenzierten Tumorproben konnten im Mittel 98% der Basen mit > 100 Reads sequenziert werden. In ersten Analysen hinsichtlich (potentiell) pathogener Tumor-Mutationen konnte die jeweilige BRCA1-Keimbahnmutation mit beiden Panels in 19/20 Tumorproben nachgewiesen werden. Die Allelfrequenzen deuten hier auf den erwartungsgemäßen Verlust des Wildtypallels hin. Die Mehrheit der Tumorproben wies zudem inaktivierende Mutationen in TP53 (16/20) und KMT2C (10/11) sowie weitere singuläre trunkierende Veränderungen in diversen Genen auf. Das TST170-Panel konnte zudem drei Fusionsereignisse (NOTCH1-CPA6, TACC3-FGFR3, BRCA1-STAT3) sowie eine EGFR-Spleißvariante in den Tumorproben nachweisen.

Schlussfolgerung:

In Kombination ermöglichen beide Multigenpanels den Nachweis eines breiten Spektrums an diversen Mutationsarten in verschiedenen Genen. Die Analyse könnte somit Hinweise auf alternative Therapieoptionen beim TNBC liefern.