Vergleichende Charakterisierung des Expressionsprofils kaniner Zelllinien aus Prostata-Adenokarzinomen (PAC), PAC-Metastasen und Übergangszellkarzinomen (TCC)

Einleitung Zelllinien sind wichtige präklinische Modellsysteme in der Krebsforschung. Klonale Entwicklung und artifizielle Kulturbedingungen bedingen jedoch eine Anpassung, die zu signifikanten Unterschieden zu den Ursprungsgeweben führen kann. In einer vorangegangenen Charakterisierung kaniner PAC-Gewebe ergab sich eine Deregulation in 50 Pathways, die den Superpathways „Regulation of the immune system and cell death“, „Inflammatory response and cytokines“, „Cell surface and PI3K signaling“, „Phagosome and autophagy“ und „Cell cycle“ zuzuordnen waren.

Ziel Die Untersuchung hatte zum Ziel, kanine Zelllinien aus 4 PAC, 2 PAC-Metastasen und 3 TCC im Vergleich zum jeweiligen Ursprungstumor auf Transkriptomebene zu charakterisieren, um die Eignung der Zelllinien als Modellsysteme einzuschätzen.

Material und Methoden Es wurde eine RNA-Sequenzierung aller 9 Zelllinien und 7 Tumor-Ursprungsgeweben durchgeführt. Im Vergleich zum Tumor in den Zelllinien differenziell exprimierte Gene wurden identifiziert.

Ergebnisse Die Mehrzahl der differenziell exprimierten Gene waren herunterreguliert. PAC, Metastasen und TCC Zelllinien waren in 28, 32 und 12 der 50 untersuchten Pathways im Vergleich zum Tumor dereguliert. Am stärksten von Deregulation betroffen zeigten sich „Phagosome and autophagy“ und „Cell surface“, während in „Cell cycle“ anteilig am wenigsten Pathways dereguliert waren.

Schlussfolgerung Die Superpathways umfassen mehrere hundert Gene. Eine experimentelle Intervention in Zelllinien sollte daher gezielt nach Targetgenen und Fragestellung untersucht werden. Eine Selektion von Zelllinien nach Tumorentität sollte durch das molekulare Profil ergänzt werden.

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Article published online:
15 February 2021