Next Generation Sequencing – Chancen und Grenzen für die Krankenhaushygiene

Die Unterscheidung von Mikroorganismen ist für das Hygienemanagement im klinischen Alltag von entscheidender Wichtigkeit. Das sog. „Next Generation Sequencing“ (NGS) bietet hier zahlreiche neue Möglichkeiten – es weist aber auch noch einige Limitationen auf. Dieser Beitrag stellt die derzeit verfügbaren NGS-Plattformen vor, beschreibt ihre Vor- und Nachteile sowie ihre Anwendungsgebiete und Grenzen.

Kernaussagen

• NGS-Methoden stellen eine große Bereicherung für das Hygienemanagement dar.

• Durch die Beseitigung entscheidender Schwächen, z. B. der mangelnden Portabilität der PFGE, wurden viele alte Typisierungsmethoden obsolet. Es ist wahrscheinlich, dass weitere traditionelle Methoden, wie z. B. die Serotypisierung von Salmonella enterica, in naher Zukunft durch NGS-Verfahren abgelöst werden.

• Eine der größten Stärken der vorgestellten Methoden bleibt die Portabilität und Nachvollziehbarkeit der Analysen. So gibt es quasi keine Zeitbeschränkung mehr zwischen Generierung der Rohdaten und deren Analyse.

• Neue Algorithmen können und werden deshalb häufig an Rohdaten aus bereits durchgeführten Studien getestet. Diese wurden in von führenden bioinformatischen Zentren betriebenen und frei zugänglichen Datendepots für Genom- und Metagenomdaten abgelegt (z. B. European Molecular Biology Laboratory, National Center for Biotechnology Information, DNA Data Bank of Japan, Argonne National Laboratory).

• Der direkte Nachweis von Mikroorganismen aus Patientenmaterialien inklusive Resistenztestung und Typisierung erscheint zum gegenwärtigen Zeitpunkt zwar weniger ausgereift als die Analyse von angezüchteten Stämmen. Er verspricht aber, die Mikrobiologie und Hygiene in naher Zukunft weiter zu revolutionieren.

Schlüsselwörter

Next Generation Sequencing - Sequenzierplattformen - Ausbruchsuntersuchungen - Speziesbestimmung - Metagenomsequenzierungen

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