Progressionsfreies Überleben im Ovarialkarzinom zeigt sich in epigenetischen DNA Methylierungsprofilen

Fragestellung:

Epigenetische Modifikationen der DNA spielen eine wichtige Rolle in der Karzinogenese. Eine umfassende, Chip gestützte Analyse von DNA Methylierungmuster spezieller CpG Sites sollte auf eine mögliche Korrelation mit dem Progressionsfreien Intervall (PFI) von Ovarialkarzinom Patientinnen untersuchen werden.

Methode:

Von zwanzig fortgeschrittenen und vorwiegend serös-papillär differenzierten Ovarialkarzinomen wurde ein Methylierungsprofil erstellt. Hierzu wurde der Illumina HumanMethylation27BeadChip genutzt, auf dieser Plattform >27.000 CpG Sites von >14.000 Gene simultan untersucht werden können. Mittels Pyrosequencing wurden die Ergebnisse validiert.

Ergebnisse:

Die Differentielle Methylierung verschiedener Cytsoine korreliert mit dem PFI. Dies signifikant für die Klassifikation nach dem PFI mit einem Cut Off von >28 Monaten.

Ein längeres PFI war assoziiert mit der Hypomethylierung von speziellen CpG Sites (z.B. GREB1, TGIF und TOB1) und ebenso mit der Hypermethylierung anderer Gene (z.B. TMCO5, PTPRN und GUCY2C). Die Gene Ontology Analyse zeigte, dass die differentiell methylierten Gene vorwiegend aus den Kategorien Telomer Organisation, Mesoderm Entwicklung und Immunregulation stammen. In der als Validierung angeschlossenen Pyrosequenzierung zeigten sich die Gene TOB1 und GUCY2C ebenfalls differentiell methyliert.

Schlussfolgerung:

Epigenetische Modifikationen an spezifischen CpG Sites korrelieren mit dem Progressionfreien Intervall bei Patientinnen mit Ovarialkarzinom. Die Aussagekraft hinsichtlich der prognostischen Wertigkeit muss an größeren Kollektiven untersucht werden.