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DOI: 10.1055/s-0035-1551635
Molekulares Subtyping mit dem nCounter-System – ein Vergleich der Subgruppen (Pilotprojekt)
Fragestellung:
Beim primären Mammakarzinom erreicht das molekulare Suptyping mittels Genexpressionsanalysen einen immer höheren diagnostischen Stellenwert. Im Rahmen der Etablierung der molekularen Subklassifizierung werden die Einteilungen mit RNA aus FFPE- bzw. Frischgewebe als Ausgangsmaterial verglichen, ebenso die RNA-Expression einzelner Gene und die Proteinexpression (IHC). Die Verteilung des PIK3CA-Mutationsstatus in den molekularen Gruppen wird untersucht.
Methodik:
RNA aus Tumorgewebe von 64 Patientinnen der prospektiven PiA-Studie (Prognose im Alltag; pTx pNx pM0 Gx HER2x; 2009 – 11; n = 1142) wurde isoliert (n = 64 aus Frischgewebe; n = 12 aus FFPE-Gewebe). Mit dem nCounter™-System wurde die Expression von 73 Genen pro Probe detektiert. Die Berechnung der molekularen Gruppen erfolgte nach dem PAM50-Algorithmus (Perou; 2009; Patent-Nr.: EP2297359A1).
Neben klinischen, pathologischen Daten stand die Einteilung nach UP-Algorithmus und der PIK3CA-Mutationsstatus (C775, Exon 20; C763, Exon 9) zur Verfügung.
Ergebnisse:
Sowohl RNA aus FFPE-, als auch Frischgewebe sind als Ausgangsmaterial für das nCounter™-System geeignet. Bei zehn der zwölf Tumoren, von denen RNA aus FFPE- und Frischgewebe zur Verfügung stand, stimmte die Einteilung in die Gruppen überein.
In Tabelle 1 ist ergänzend zu den molekularen Gruppen die IHC-Einteilung gelistet.
LumA |
LumB |
HER2-enriched |
Basal-like |
||
HR+HER2- |
9 |
16 |
0 |
1 |
26 |
HR+HER2+ |
0 |
12 |
2 |
0 |
14 |
HR-HER2+ |
0 |
3 |
6 |
1 |
10 |
TripelNEG |
0 |
2 |
2 |
10 |
14 |
9 |
33 |
10 |
12 |
64 |
Gut ein Fünftel der Patientinnen mit einem HR+-Tumor gehörten der LumA-Gruppe an. Die molekularen Gruppen LumA und Basal-like zeigten eine gute Übereinstimmung mit den IHC-Gruppen. Rund zwei Drittel der UP-low-Gruppe mit HR+HER2–-Tumoren wurden der LumA-Gruppe zugeordnet. Die LumB-Gruppe konnte durch Einzelanalysen von ERBB2 in HER2+/–-Tumore differenziert werden. Die Einzelauswertungen der RNA-Expression von ESR1, PGR, ERBB2 zeigten eine positive Korrelation zum entsprechenden IHC-Score.
Über die Hälfte der Proben der LumA-Gruppe und 16% der LumB-Gruppe wiesen Mutationen im PIK3CA-Gen auf.
Schlussfolgerung:
Mit dem PAM50-Algorithmus kann Patientinnen ergänzend zu etablierten Biomarkern eine individualisierte Therapieempfehlung ausgesprochen werden. Einen zusätzlichen prädiktiven Nutzen erhält man durch die Einzelauswertung von Genen der LumB-Gruppe.
Ausschließlich die luminalen Gruppen wiesen eine erhöhte Mutationsrate im PIK3CA-Gen auf.
Weiterführend sollen die Verlaufsdaten der Patientinnen in den einzelnen Gruppen verglichen werden.