Genotypisierung Hormonrezeptor und HER2neu negativer Mammakarzinome (TNBC) von BRCA1-Mutationsträgerinnen

Zielsetzung:

Das Fehlen der Hormonrezeptoren für Östrogen und Progesteron, sowie der negative HER2/neu-Status, erschwert eine Therapie des triple negativen Mammakarzinoms (TNBC). Ca. 15% dieser aggressiven Brustkrebsart sind mit einer prädisponierenden Keimbahnmutation in den Brustkrebsgenen BRCA1 oder BRCA2 assoziiert. Durch eine Sequenzanalyse potentiell an der Tumorentwicklung und -progression beteiligter Gene sollen BRCA1-assoziierte second-hit Mutationen identifiziert werden.

Materialien/Methoden:

Aus archivierten TNBC-Gewebeproben von BRCA1-Mutationsträgerinnen wird invasiv-tumoröses Gewebe makrodissektiert. Nach der Isolierung der DNA mittels des GeneRead DNA FFPE Kits (Qiagen), wird die DNA-Qualität durch den QIAseq DNA QuantiMIZE Assay bestimmt. Das Human Breast Cancer QIAseq DNA Panel (DHS-001Z) ermöglicht die gezielte Anreicherung kodierender Regionen von 93 Genen. Die Ausbeute der Probenlibraries wird mit einer Realtime-PCR-basierten Methode (QIAseq Library Quant Assay) bestimmt. Anschließend wird die Panel-Sequenzierung mit einem Miseq-Sequenziersystem (Illumina) durchgeführt. Die Datenauswertung erfolgt mit der Bioinformatik-Software Biomedical Genomics Workbench (Qiagen).

Ergebnisse:

In 49 TNBC-Gewebeproben von insgesamt 41 BRCA1-Keimbahnmutationsträgerinnen konnte Tumorgewebe mit einem Tumorzellanteil von > 30% detektiert werden. Nach einer Optimierung der DNA-Ausbeute war es ebenfalls möglich, die DNA-Amplifizierbarkeit im relevanten Größenbereich und damit die für die NGS-Analyse notwendige Qualität mittels der Qualitätsprüfung sicherzustellen. Die mittlere Abdeckung erster Sequenzieranalysen ist mit durchschnittlich 1.570 Reads ausreichend. Für 99% aller Basen der Zielregionen wurde eine 100-fache Abdeckung erzielt. Aktuelle Ergebnisse der laufenden NGS-Analysen und der bioinformatischen Auswertung werden nach Klassifizierung bzw. Pathogenitätsbeurteilung der Varianten vorgestellt.

Zusammenfassung:

Der Workflow zur Analyse des Mutationsprofils von BRCA1-assoziierten TNBCs konnte erfolgreich etabliert werden und macht die Identifikation spezifischer Muster von im Verlauf der Tumorentwicklung mutierter Gene (second-hits) möglich.