CC BY-NC-ND 4.0 · Laryngorhinootologie 2019; 98(S 02): S53-S54
DOI: 10.1055/s-0039-1685876
Abstracts
Onkologie

Umfassende Untersuchung des Tumormikromilieus bei Kopf-Hals-Plattenepithelkarzinomen mittels Einzelzell-RNA-Sequenzierung

C Kürten
1   Universitätsklinikum Essen (HNO-Klinik), Essen
,
X Chen
2   Deparment of Biomedical Informatics, Pittsburgh, USA
,
A Kulkarni
3   Head and Neck Cancer SPORE, Pittsburgh, USA
,
X Lu
4   Deparment of Biomedical Informatics, Pittsburgh, PA
,
RL Ferris
5   Hillman Cancer Center, Pittsburgh, USA
,
S Lang
1   Universitätsklinikum Essen (HNO-Klinik), Essen
› Author Affiliations
R01 DE19727, P50 CA097190, T32CA082084, CA110249, University of Pittsburgh Cancer Center Support Grant P30CA047904, Programm zur internen Forschungsförderung Essen (IFORES)
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    Einleitung:

    Trotz innovativer Immuntherapien zur Behandlung von Kopf-Hals-Plattenepithel-Karzinomen liegt die Ansprechrate bei nur 15 – 20%. Ursachen hierfür liegen im Tumormikromilieu aus Stroma-, Tumor- und Immunzellen. Einzelzell-RNA-Sequenzierung ermöglicht das transkriptomische Profil von Zellen – und damit ihren Ursprung sowie Funktionszustand – zu ermitteln.

    Methoden:

    Frische HNO-Tumorproben und Blut von unbehandelten Patienten wurden untersucht. Tumorgewebe wurde manuell und enzymatisch zerkleinert. Zellsuspensionen wurden gefärbt und in CD45-positive und -negative Populationen sortiert. 3' Einzelzell-RNA-Bibliotheken wurden mittels der 10x Genomics Plattform erstellt und auf einem NextSeq500 (Illumina) sequenziert. Daten wurden aggregiert, normalisiert und bioinformatische Analyse unter Verwendung von Python (scampy) durchgeführt.

    Ergebnisse:

    80.214 einzelne Zellen (Gen-Median pro Zelle: 1105) wurden von 15 Patienten gewonnen. Cluster-Analyse identifiziert Haupt-Zell-Populationen im Immun-Kompartiment – T-Zellen, B-Zellen, Makrophagen – sowie im Stroma – Fibroblasten und Endothel-Zellen. Der relative Anteil der verschiedenen Zelltypen zwischen Patienten wurde verglichen. Therapeutisch relevante Sub-Typen – z.B. aktivierte regulatorische T-Zellen oder dysfunktionale zytotoxische T-Zellen – wurden identifiziert. Die Zell-Entwicklung wurde mittels einer Pseudo-Zeit-Analyse modelliert.

    Schlussfolgerungen:

    Das Tumormikromilieu in HNO-Tumoren ist durch eine Vielzahl von unterschiedlichen Zellen mit diversen Funktionszuständen gekennzeichnet. Einzelzell-RNA-Sequenzierung erlaubt eine – in solcher Breite und Tiefe bisher nicht mögliche – Darstellung dieser Zell-Landschaft. Dies lässt die Identifikation seltener Zellpopulationen sowie neuer Therapieansätze zu.


    #
    Dr. med. Cornelius Kürten
    Universitätsklinikum Essen (HNO-Klinik),
    Hufelandstraße 55, 45147
    Essen

    Publication History

    Publication Date:
    23 April 2019 (online)

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